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Fondation d'Abéché par le sultan Mohamed Chérif.

C'est à cette époque que les volontés colonialistes françaises commencent à se concentrer sur le Tchad et le BCAF devient un organe de propagande colonialiste essentiel, financé par des souscriptions et finançant les premières missions en Afrique, dont celle de Paul Crampel, explorateur de renom qui sera assassiné dans le Ouaddaï en 1891 en tentant de rallier le Lac Tchad depuis Brazzaville au Congo.

ils donnent à la mission Gentil les droits de la France sur les rives droites du Chari et le nord du lac Tchad.

Située au Sud du pays, c'est aujourd'hui la troisième ville du pays et a changé de nom en 1972 pour devenir Sahr à l'occasion de la campagne d'authenticité du Président Tombalbaye. Gustave Archambault était un jeune officier français mort au combat cette année-là et c'est pour l'honorer que le capitaine de la compagnie donna son nom au fort qu'il construisit.

La bataille entre l'armée coloniale française et les forces de Rabah, un seigneur de la guerre soudanais et trafiquant d'esclaves, fut un succès pour l'armée coloniale qui en profita pour franchir le Chari en provenance du Cameroun où est située la ville de Kousséri. Le commandant Lamy y fut cependant tué, comme le chef des troupes opposantes, le seigneur Rabah.

C'est en mémoire du commandant Lamy, son chef décédé, que le lieutenant Gentil nomma l'actuelle N'Djamena qui resta connue sous le nom de Fort Lamy jusqu'en 1973. Fort Lamy fut fondé sur l'emplacement d'un petit village Kotoko. Cette ville au confluent du fleuve Chari, séparant le Cameroun du Tchad et du Logone, est aujourd'hui la capitale du pays.

Si le Sud, harcelé par les razzias nordistes, était acquis à la cause française, l’est et le nord du pays, de confession musulmane, voient d’un très mauvais œil l’arrivée d’infidèles. On offre donc la constitution d’un protectorat pour le Ouaddaï, le temps de se libérer de la menace sénoussiste dans le Borkou. En 1902, la zaouïa de Bir Alali est prise d’assaut ; en 1907, c'est le tour de celle de Faya. Dans le Ouaddaï, les Français ont leur prétendant au trône : Acyl, fils du sultan Ali, qui a fui pour éviter d’être aveuglé lors de l’intronisation de Doudmourah en 1902. Ils entrent alors à Abéché en 1909. Mais Doudmourah s’allie au sultan des Massalit, Tadj el Din, et tente de reconquérir son trône à la bataille de Doroté, les 8 et 9 novembre 1910. Tadj el Din est tué et le pouvoir de Doudmourah, qui peut se réinstaller au Ouaddaï après un exil de plus d'un an, sensiblement réduit ; Doudmourah se rendra définitivement en octobre 1911 ; il est alors remplacé par Acyl.

Ayant pacifié l’Est, Largeau entreprend l’occupation définitive du Borkou. Il conquiert la zaouïa d’Aïn Galaka le 27 novembre 1913, mettant ainsi un terme définitif aux combats. Au lendemain de la conquête, les Français sont donc les alliés militaires des Baguirmiens ; ils les ont aidés à vaincre Rabah qui a rasé Massenya, leur capitale. Ils sont les amis des peuples sara qu’ils libèrent de la menace constante des raids esclavagistes du Nord. Mais chez les Ouaddaïens, ils incarnent un pouvoir infidèle, qui impose sa force étrangère à travers le sultan Acyl, une marionnette usurpatrice, sur un royaume fier et invaincu. Enfin, les Français stoppent les visées turques sur le pays : les Turcs possèdent des garnisons à Bardaï et à Sherda, mais ils doivent se replier après leur défaite de 1911 en Tripolitaine contre les troupes italiennes.

Le 17 mars 1920, le Tchad devient une colonie civile directement rattachée au Gouvernement général de l'Afrique-Équatoriale française (AEF). Ses frontières sont identiques à celles d'aujourd'hui. Mais du fait des vicissitudes des rapports franco-allemands, elles ne seront définitivement établies qu'en 1936. Au sud, la limite est définie avec l'Oubangui-Chari, qui est aussi un territoire de l'AEF. On gardera les mêmes frontières, plus tard, avec la Centrafrique. À l'ouest, les frontières seront délimitées selon des accords franco-allemands qui auront plutôt l'allure de marchandage ; ainsi, la ligne de démarcation entre le Tchad et le Cameroun séparera arbitrairement une même peuplade (exemple des Kotoko, des Moundang…). La frontière avec le Niger marque la limite entre l'AEF et l'Afrique-Occidentale française. Celle avec le Soudan sera négociée en 1923. Après avoir conquis le Tchad, la France s'en désintéresse. En effet, le pays est pauvre par rapport aux autres colonies. Être administrateur colonial au Tchad est le lot des novices ou équivaut à une punition.

En 1944, la conférence de Brazzaville a lieu. Elle réunit de Gaulle et tous les gouverneurs coloniaux. Le Code de l'indigénat est supprimé ainsi que les travaux forcés. Une participation des populations à leurs propres affaires est décidée. La colonie devient un territoire d'outre-mer intégré dans la fédération de l'AEF. Le Tchad désigne un député à l'Assemblée nationale et élit, au système du double collège, une Assemblée territoriale qui gère les affaires locales. Dès 1945, les Tchadiens peuvent voter pour les Assemblées nationale et constituante en France, ainsi que pour les référendums. En 1946, les premiers partis politiques apparaissent. Ils seront vite nombreux, fréquemment remaniés, et seront influencés par des clivages ethniques et religieux

Le 23 juin 1956, la loi-cadre Defferre, qui accorde l'autonomie interne aux anciennes colonies françaises d'Afrique noire, supprime le double collège, qui surreprésentait les Blancs, développe les pouvoirs des autorités locales et les prépare à l'indépendance. Le 28 novembre 1958 est proclamée la République du Tchad. Le 31 mars 1959, la première Constitution est votée. François Tombalbaye, un ancien instituteur, est nommé Premier ministre. Le 11 août 1960, la République du Tchad accède à l'indépendance. François Tombalbaye devient président ; il n'y a pas de Premier ministre.

Le chef de l'État va, petit à petit, mettre en place un pouvoir personnel. L'Assemblée nationale n'a qu'un pouvoir législatif limité. Les opposants sont expulsés, incarcérés ou exécutés, la police secrète s'infiltre partout ; le culte du chef s'organise. Une nouvelle Constitution est votée le 16 avril 1962, qui met fin à la liberté d'expression et renforce encore les pouvoirs du chef de l'État. Le président est élu pour sept ans ; un simulacre d'élection aura bien lieu en 1969 ; le président sortant, candidat unique, étant réélu avec un taux record de 99,6 %

Le 22 juin 1966, le Front de libération nationale (Frolinat) est créé. Il devient le parti des opposants musulmans de l'Est et du Nord. Ses leaders sont Abba Siddick et Goukouni Oueddeï. C'est un mouvement de lutte armée qui cristallise l'opposition populaire et l'exploite politiquement. À cette période, le gouvernement central se trouve isolé, avec une armée faible, épuisée par des guérillas incessantes contre le Frolinat. Le président Tombalbaye fait alors appel à la France, en vertu des accords de défense signés au moment de l'indépendance, qui intervient militairement à partir du 14 avril 1969 pour repousser les forces armées rebelles du Frolinat dans des poches de résistance.

La révolution culturelle initiée par le président Tombalbaye avait pour but de purger le Tchad de l'impérialisme colonial français. Ainsi, tous les noms à consonance française sont changés : Fort-Lamy devient N'Djamena ; Fort-Archambault, Sarh. En outre, tous les anciens noms et prénoms christianisés des populations du Sud doivent être islamisés ou « ethnicisés » du jour au lendemain. Le président, lui-même, change son prénom français (François) en Ngarta, terme sara qui signifie « chef ». Bref, le président Tombalbaye revendique la « tchaditude ».

Le 13 avril 1975, de jeunes officiers, voulant venger leurs aînés que le président avait fait emprisonner en prétendant qu'ils fomentaient un coup d'État, renversent le pouvoir et tuent le président Tombalbaye. À la suite du coup d'État est mis en place un Conseil supérieur militaire (CSM), dirigé par le général Félix Malloum. Les prisonniers politiques sont libérés ; des enquêtes sur la corruption et les disparitions sont ordonnées ; la révolution culturelle est stoppée, un appel à la réconciliation nationale est lancé. Néanmoins, aucun autre parti politique n'est autorisé et la presse est contrôlée par le CSM. Le 27 septembre 1975, le général Malloum décide de mettre fin à la présence militaire française sur le territoire, ce qui est fait en octobre. Tous les partis se rallient au CSM, sauf les Forces armées du Nord (FAN) (faction du Frolinat) de Hissène Habré et de Goukouni Oueddeï, réfugiées dans le Tibesti.

Au sein du CSM naissent des dissensions entre le général Malloum, un ancien prisonnier désireux avant tout de maintenir la paix civile, et le jeune et fougueux colonel Kamougué, qui avait dirigé le coup d'État du 13 avril. Des désaccords éclatent aussi au sein des FAN (Forces Armées du Nord) qui se scindent en deux factions ; Hissène Habré est rejeté du Tibesti par Oueddeï, et forme une nouvelle mouture des FAN au Soudan, car leur avis diverge quant aux relations à entretenir avec la Libye et au sort de Françoise Claustre, toujours retenue en otage. Au départ de Hissène Habré, Goukouni Oueddeï fait libérer Françoise Claustre et le CSM, désireux de calmer les ardeurs du Frolinat, négocie alors avec les FAN de Hissène Habré, qui devient Premier ministre le 28 août 1978, à la suite des accords de Khartoum signés un an plus tôt. Le 25 septembre 1978, le Premier ministre, Hissène Habré, lance une réforme administrative qui vise à doser ethniquement la répartition des postes, au détriment de la compétence, pour lutter contre l'hégémonie sudiste dans l'administration. Une crise politique aiguë et une paralysie complète de l'État s'ensuit. Les provocations extrémistes des deux camps se multiplient et le 12 février 1979, la guerre civile éclate : elle sera d'une brutalité sans précédent et laissera une empreinte indélébile dans l'esprit des Tchadiens. La population chrétienne fuira la capitale dans un vaste exode vers le sud du pays ou le Cameroun. Il s'ensuit une période de flottement qui durera jusqu'en 1982. Sous l'égide du Nigeria, diverses tentatives de réconciliation ont lieu. Finalement, c'est Oueddeï qui deviendra président, Kamougué vice-président et Habré ministre de l'intérieur. Mais les dissensions entre ces trois hommes sont insurmontables et Hissène Habré prend le pouvoir par la force, secrètement aidé par la France, contraignant Oueddeï à un exil au Cameroun.

Le 29 septembre 1982, Hissène Habré promulgue l'Acte fondamental de la République, qui fait du Tchad une république laïque indivisible. Le 18 octobre 1982, la troisième République est proclamée. Le 21 octobre, Hissène Habré devient le nouveau président. Le régime instauré par Hissène Habré est un régime de terreur. Le parti unique, l'UNIR, contrôle tout, par l'intermédiaire de sa police secrète. Tout individu qui s'oppose, ou peut s'opposer, au régime est incarcéré, torturé et éliminé. En 1987, le président lancera même une guerre victorieuse contre la Libye de Khadafi afin de récupérer la bande d'Aozou, territoire contrôlé par la Libye mais historiquement tchadien. Il sera secondé dans cette tâche par un certain Idriss Deby, père du président actuel en 2024.

En 2006, il sera accusé de crimes contre l'humanité, de crimes de guerre et de torture. Son procès, débuté à Dakar en 2015, marque la première application de la compétence universelle en Afrique. Selon Human Rights Watch, son régime est responsable de la mort de 1 200 personnes et de la torture de 12 000 autres. Condamné à la réclusion à perpétuité en appel en 2017, il décède en prison des suites du Covid-19 quatre ans plus tard.