Le lac Malawi, une mer intérieure
L'ancien lac Nyassa (« nyassa » signifie « lac » dans la langue des pêcheurs locaux) avec ses 580 km de longueur et une largeur variant de 30 à 80 km est le troisième plus grand lac africain et le neuvième plus grand lac d'eau douce au monde. Il s'élargit sur les territoires du Malawi, de la Tanzanie et du Mozambique et constitue une frontière naturelle. Bien plus qu'un immense plan d'eau, c'est une véritable mer intérieure de 30 000 km² (environ la taille de la Belgique) qui englobe 20 % de la surface du pays, en comptant les lacs Malombe au sud, le Chilwa au sud-est et le Chiuta au nord. L'une des caractéristiques du lac Malawi est l'exceptionnelle richesse de sa faune aquatique qui revêt une importance universelle pour la préservation de la biodiversité. La diversité de ses populations de cichlidés, ces poissons multicolores dont la plupart est endémique est remarquable : plus d'un millier d'espèces différentes, dont la moitié n'existe que sur ce site, sont recensées. On trouve aussi des crabes, des méduses et des éponges d'eau douce. Enchâssé dans une crevasse profonde de l'ouest de la vallée du Rift, c'est aussi l'un des lacs les plus profonds au monde. Sur 90 % de son étendue, le fond se trouve à 100 mètres de profondeur. Les eaux claires du lac Malawi et leur visibilité exceptionnelle portant jusqu'à 20 mètres sous l'eau ainsi que ses grands fonds atteignant jusqu'à 750 mètres, offrent aux plongeurs une expérience inoubliable. La température moyenne de l'eau varie entre 24 °C et 29 °C. Il est entouré de côtes rocheuses, de plages sablonneuses, de collines boisées, de lagunes et de marais. Les rivières qui coulent vers le nord et l'est se déversent dans le lac Chilwa. Les rivières qui coulent vers l'ouest et le sud se jettent dans la rivière Shire à l'extrémité méridionale du lac Malawi. La rivière Shire, principal cours d'eau du pays d'une longueur de 400 kilomètres qui prend sa source dans le lac susnommé, suit son cours dans la Lower Shire Valley, se jette d'abord dans le lac Malombe qui se déverse ensuite dans le fleuve Zambèze au Mozambique qui lui se jette dans l'océan Indien. Enclavées dans les eaux territoriales du Mozambique, les îles Likoma (longue de 8 kilomètres et large de 3) et Chizumulu (3 km2), situées au nord-est du lac appartiennent au Malawi.
Des plaines et des hauts plateaux
Le Malawi n'est pas seulement riche de l'eau de son immense lac. Ce pays, constitué aux trois quarts de hauts plateaux, offre de superbes paysages contrastés aux sous-ensembles très divers où alternent lacs, plaines vallonnées, gouffres arides, hauts plateaux, autant de merveilles géographiques dues au Grand Rift, une immense faille géographique qui traverse le pays du nord au sud.
À l'est et à l'ouest, le Grand Rift est surplombé par de vastes et hauts plateaux s'élevant de 900 à 1 200 m d'altitude. Ceux du nord et du centre, étagés jusqu'à 2 000 m, dominent le lac Malawi et s'achèvent par un escarpement tombant directement dans le lac ou surplombant une plaine côtière comme les hauts plateaux de Viphya et du parc national de Nyika (le plus grand parc du Malawi avec ses 3 134 km2). Ces grandes prairies ouvertes sont couvertes de forêt tropicale, de collines verdoyantes et d'une immense variété de fleurs sauvages parmi lesquelles 200 espèces d'orchidées différentes qui fleurissent pendant les mois d'été (octobre-avril). Le nom « Nyika » signifie « d'où vient l'eau », puisqu'il s'agit d'une des plus grandes sources d'approvisionnement en eau du pays grâce à une pluviométrie partout favorable. Le plateau Nyika, situé à 2 000 mètres au-dessus du niveau de la mer, culmine à 2 605 m au pic de Nganda. Celui-ci est, la plupart du temps, entouré par les nuages. En saison humide et chaude comme en saison sèche, il est plongé dans un brouillard dense qui ne se dissipe qu'épisodiquement. Il offre alors des paysages différents du reste du Malawi, des vues spectaculaires sur l'horizon changeant. Son altitude élevée promet des températures agréables toute l'année aux randonneurs, contrairement à la chaleur étouffante de la vallée. La végétation du parc national Nyika attire depuis toujours de nombreuses espèces d'oiseaux, des antilopes, des zèbres et parfois des panthères, des lions et des éléphants.
Au centre du pays, la région montagneuse de Dedza, au sud-est de Lilongwe, abrite le site de peintures rupestres le plus important d'Afrique centrale. Elles sont classées au patrimoine mondial de l'UNESCO. Entre le lac Malombe qui le borde au nord et le lac Chilwa, le parc national de Liwonde est une zone protégée constituée de forêts ou de savanes sèches. Traversé par la rivière Shire qui est un affluent du Zambèze, il abrite une population importante de grands mammifères.
Les hauts plateaux de la Shire (Shire Highlands) sont situés sur le flanc oriental de la vallée du Grand Rift, à l'est de la rivière Shire. D'une surface de 7 250 km2, leur altitude est comprise entre 600 m et 1 200 m. Ils forment un arc-de-cercle à l'ouest et au sud du bassin du lac Chilwa et de la plaine de Phalombe.
Au sud du pays, les hauts plateaux sont dominés par les monts Zomba et le massif Mulanje, culminant respectivement à 2 130 et 3 002 m pour le pic Sapitwa. Il se trouve à l'est de Blantyre, non loin de la frontière avec le Mozambique. C'est le point culminant du pays et l'un des plus hauts sommets d'Afrique australe.
Isolé, le mont Mulanje est très souvent enveloppé de nuages blancs accrochés à ses flancs qui laissent deviner ses plus hauts sommets, ce qui lui vaut le surnom d'« île dans le ciel » par les habitants. Il se dresse fièrement en formant une rupture anguleuse avec les lignes douces des champs de thé. En langue locale chichewa, sapitwa signifie « n'y va pas ». Même si la région est appréciée par les randonneurs, elle est réputée dangereuse en raison des brusques changements météorologiques, des baisses de température soudaines ou des violentes chutes de pluie qui entraînent un manque de visibilité pour les visiteurs voulant parcourir le massif. On trouve cependant de nombreux sentiers qui s'adressent aussi bien aux randonneurs chevronnés qu'aux débutants. Vers l'ouest, les reliefs s'abaissent doucement vers la Zambie. L'extrême sud du pays, avec le parc national de Lengwe, est une plaine de basse altitude.