Les premiers diocèses catholiques à être érigés dans les Caraïbes, le furent à Porto Rico, dès le XVe siècle. La religion catholique s’est déployée avec l’arrivée des Espagnols, de façon exclusive et autoritaire. À une très large majorité, les communes de l’île disposent de leur propre église, qui se dresse souvent sur la place centrale du village, en face de la mairie. Globalement, le quotidien des Portoricains est rythmé par les fêtes et les rituels religieux. Les églises sont souvent bien remplies lors des messes du dimanche, même si elles se vident peu à peu. Nombreux sont les Portoricains à remercier Dieu avant de commencer à manger. Un chapelet est souvent accroché au rétroviseur central de la voiture familiale. Aussi, le meilleur élément pour jauger la ferveur catholique des habitants de l’île, est de se rendre à un carnaval. Reste à savoir si la passion et l’énergie mises pour préparer la fête relève d’un rite catholique, ou tout simplement, traditionnel. Chacun y trouve ce qu’il a envie d’y voir.
Le protestantisme s’est développé sur l’île après la guerre hispano-américaine. La première église protestante de Porto Rico, l’église anglicane Holly Trinity, a été fondée en 1872, mais elle n’a été autorisée à sonner les cloches qu’à l’arrivée des Américains en 1898, lorsque la liberté religieuse a été établie. Baptistes, méthodistes et presbytériens composent cette communauté, dont les adeptes prétendent pour la plupart venir du catholicisme. Les États-Unis comptent la plus forte concentration d’évangéliques au monde (près de 30% de la population), Porto Rico devrait suivre cette tendance, certains chercheurs pensent en effet que les évangéliques, constitueront 75% de la population de Porto Rico dans un avenir proche.
Porto Rico accueille aussi la plus large communauté juive des Caraïbes et c’est la seule île où les trois principaux courants du judaïsme - orthodoxe, conservateur et réformé - sont actifs. Elle compte environ 3 000 membres, issus essentiellement de la descendance de l’immigration venue d’Europe aux heures de l’Allemagne nazie. Elle fut complétée d’une deuxième vague, composée cette fois d’émigrants juifs de Cuba qui fuyaient les perquisitions. Il existe trois synagogues actives à San Juan et une à Mayaguez. La nourriture casher est disponible sur l'île.
La religion islamique reste méconnue dans les Caraïbes. Si parmi les esclaves africains, l’islam était sans aucun doute secrètement représenté, son introduction à Porto Rico remonte officiellement au milieu du XXe siècle, lorsqu'un grand nombre de Palestiniens ont immigré. Il existe également aujourd’hui une communauté pakistanaise et égyptienne qui fréquente les mosquées. La première mosquée est établie en 1981 dans la ville de Rio Piedras. Il en existe neuf aujourd’hui sur tout le territoire, pour environ 5 000 adeptes.
Quant aux croyances populaires, avec la santería, comparable au vaudou et malgré le poids des églises catholiques et évangéliques, les Portoricains continuent de vénérer certaines divinités yorubas, ancrées dans la culture africaine. Cette pratique remonte au temps des esclaves, qui, contraints d’adopter le catholicisme, ont repris à leur compte certaines célébrations de saints catholiques en les identifiant à leurs propres figures divines. Syncrétisme religieux ou double appartenance culturelle ? Quoi qu’il en soit, il existe un réel héritage culturel africain, dont le culte des ancêtres reste une pratique persistante dans la société portoricaine. La dernière communauté majoritairement peuplée des descendants d’esclaves se trouve dans la ville de Loíza. C’est d’ailleurs là que chaque année, en juillet, le Festival de Santiago Apóstol fait vibrer ce mélange unique de traditions catholiques africaines et espagnoles.
