Une riche faune
L'isolement géographique de l'archipel a favorisé le développement d'une faune tendant à se différencier de la partie continentale. Les oiseaux en sont les principaux représentants. On compte de nombreuses espèces d'oiseaux migrateurs, ainsi que la mouette royale, la mouette corse, le goéland d'Audouin, le goéland leucophée, le cormoran huppé, le puffin, le merle bleu... Les rapaces sont bien représentés, surtout pendant les périodes de migration (avril, mai et septembre) : faucon pèlerin, busard des roseaux, bondrée apivore, épervier d'Europe et balbuzard pêcheur. La faune terrestre est assez pauvre en mammifères. Citons le mouflon, robuste, qui se trouve dans les crêtes rocheuses du mont Capanne, mais aussi à Giglio et Capraia ; les mâles sont reconnaissables par leurs grandes cornes en spirale et peuvent peser jusqu'à 50 kg. On recense également de beaux spécimens de sangliers sur l'île d'Elbe (des mâles de 120 kg !), mais qui constituent une menace pour la faune et la flore protégées. Le hérisson, nocturne, solitaire et malheureusement trop souvent victime des voitures. Enfin la martre, grande prédatrice chassant généralement la nuit et le seul mammifère carnivore présent sur l'île d'Elbe. Quelques espèces de reptiles et amphibiens sont facilement observables, mais protégées. A l'image des lézards, présents sur tout l'archipel, qui fréquentent à la fois les milieux rocheux et les zones sableuses. On peut aussi trouver des couleuvres, dont la morsure est inoffensive, des crapauds et la rainette sarde, d'un vert vif, espèce endémique de l'archipel. Passionnés, naturalistes professionnels ou en herbe, ouvrez l'œil ! L'archipel toscan regorge de beaux papillons. On peut notamment observer le cardinal, un grand papillon qui peut atteindre 40 mm d'envergure, principalement visible sur l'île d'Elbe et Giglio. Ses ailes sont jaune-ocre avec des tons verdâtres et tachetées de noir. Aussi, ce grand et beau papillon diurne au vol puissant, nommé jason (ou nymphale de l'arbousier), est visible dans le maquis de mai à la mi-octobre. Cette espèce, l'une des plus belles d'Europe, aime comme son nom l'indique, les arbousiers ! La vanesse du chardon est quant à elle un papillon migrateur, hivernant en Afrique et migrant vers l'Europe du Sud au printemps. Enfin, le petit papillon Coenonympha elbana, endémique de l'île d'Elbe (présent également sur Giglio et Giannutri), et de couleur orange, se rencontre dans le maquis jusqu'à environ 1 000 mètres d'altitude.
Terminons par la magnifique faune aquatique protégée de l’archipel. La roche, les cavités et les failles regorgent de vie : langoustes, homards, congres, castagnoles, brèmes et murènes ont pris possession des lieux. Les fonds sableux abritent également des oursins, des étoiles de mer, des ormeaux... Doté d'une intelligence remarquable, le poulpe vit souvent près du fond et aime se faufiler dans les sédiments côtiers. Même les cétacés fréquentent l'archipel ; au printemps et en été, il est possible d'apercevoir les nageoires dorsales de dauphins, le souffle oblique et latéral d'un cachalot, ou plus rarement le rorqual commun (deuxième plus grand animal vivant sur la planète, après la baleine bleue).
Flore
La végétation exubérante de l'île d'Elbe est majoritairement caractérisée par le maquis méditerranéen, constitué de petits arbres (chêne vert, chêne-liège, arbousier) et d'un sous-bois très dense. Au printemps, la floraison du maquis avec ses cistes, genêts, chardons, coquelicots et bruyères transforme l'île en un immense bouquet de fleurs parfumées. Egalement très diffus, le parfum suave et épicé des plantes aromatiques, comme le romarin, la myrte, l'hélichrysum, la menthe, le fenouil sauvage... A l'ouest, le massif du mont Capanne est constitué de forêts de châtaigniers séculaires, alors que le versant oriental est caractérisé par de vastes plantations de pins parasols. L'île d'Elbe offre également une diversité d'orchidées spécifiques au climat particulier du cocktail mer et montagne. On dénombre une quarantaine de types d'orchidées, qui livrent au printemps une floraison brève mais magnifique. Les fonds marins de l'archipel rassemblent une grande variété d'habitats et une multitude d'espèces végétales. Le coralligène offre une étonnante palette de couleurs et abrite le célèbre (et rare) corail rouge de Méditerranée.