Parc national et aires protégées
La Guyane abrite une très riche variété d'écosystèmes (savanes, forêts, littoraux) et possède un fort taux d'endémisme. Le territoire compte ainsi près de 480 espèces de poissons d'eau douce et saumâtre dont un tiers sont endémiques. La forêt équatoriale et sa canopée, vaste et continue, permettent le maintien de la dynamique évolutive du vivant. Le milieu marin abrite des espèces rares, telles que le dauphin de Guyane. Afin de préserver ce « hot spot » de biodiversité, des aires protégées ont été mises en place.
Parc amazonien de Guyane : créé en 2007, il vise à concilier la protection des écosystèmes de la forêt équatoriale, les activités des communautés locales et la sensibilisation des publics. Frontalier avec le parc des Montagnes du Tumucumaque au Brésil, il forme une vaste aire protégée qui représente 40 % de la Guyane française, aux confins des fleuves Oyapock et Maroni.
Parc naturel régional de la Guyane : créé en 2001, situé en bordure du littoral, il comprend à la fois une grande variété d'écosystèmes (mangroves, marais, savanes, forêts) et de communautés humaines. Le parc mène à la fois des actions de protection de la biodiversité, d'accueil des publics et de développement économique.
Réserve naturelle régionale du Trésor : située au nord-est du territoire, elle protège les écosystèmes de la montagne de Kaw (forêts, savanes humides). Il est possible de suivre le « sentier carbone », instrument pédagogique inauguré en 2005. Long de 1,4 km et ponctué d'informations, il s'attache à mettre en lumière le lien entre la forêt et le changement climatique.
Réserve naturelle nationale de Nouragues : située au cœur de la forêt équatoriale, elle a la particularité d'abriter une station scientifique du CNRS, qui a produit de nombreuses études scientifiques.
Réserve naturelle nationale de Kaw-Roura : elle protège des écosystèmes extrêmement riches, tels que la zone humide (marais), les savanes et les forêts de montagne.
Réserve naturelle nationale de la Trinité : située au centre du territoire et difficile d'accès, elle possède une grande diversité de milieux : savanes, forêts de plaine et de montagne, inselberg (petit massif montagneux isolé). Elle fait l'objet d'études scientifiques et d'inventaires floristiques.
Réserve naturelle nationale de l'Amana : sur la façade littorale ouest, elle abrite des mangroves et des plages, sites de pontes de tortues marines.
Réserve naturelle nationale de l'île du Grand Connétable : elle protège les écosystèmes et la biodiversité terrestre et maritime de ces deux îlots situés au large des côtes guyanaises.
Réserve naturelle nationale du Mont Grand Matoury : réserve située en zone péri-urbaine, elle conserve plus de 2 000 hectares de forêt primaire, et constitue un espace récréatif et pédagogique.
Les principales menaces qui pèsent sur les équilibres naturels sont la surexploitation des ressources, les déforestations illégales, mais aussi les projets d'infrastructures (routières, industrielles, urbanisation côtière) qui contribuent à la dégradation et à la fragmentation des milieux naturels.
Quand l'extraction de l'or contamine l'environnement
La Guyane a de l'or dans ses sols. Cette richesse, très convoitée, est aussi à l'origine d'une large pollution. Le territoire fait les frais d'une activité illégale d'orpaillage, exercée le plus souvent par des travailleurs précaires, souvent en provenance du Brésil. On estime à environ 10 000 le nombre de ses « garimpeiros » sur le territoire guyanais. L'activité occasionne de nombreux impacts environnementaux : défrichage sauvage, libération de blocs de sédiments dans les cours d'eau qui perturbent les équilibres écologiques, et déversement de mercure pour « piéger l'or », ce qui a pour conséquence la contamination de l'ensemble de la chaîne alimentaire. L'acidité du sol favorise qui plus est la biodisponibilité des métaux toxiques, c'est-à-dire leur capacité à être assimilés par des plantes et micro-organismes. L'autre question environnementale liée à l'or est son extraction minière. Un projet porté par la compagnie « Montagne d'or » suscite de fortes polémiques, la réaction d'élus, d'associations et des actions en justice. À l'origine, il s'agit d'un projet de mine à ciel ouvert, au sein de la forêt guyanaise. L'exploitation du minerai nécessiterait en outre une déforestation, la construction d'une infrastructure routière et d'une centrale au fioul, un process d'extraction par cyanurisation, le tout à proximité d'une réserve naturelle et d'un fleuve. En 2019, le tribunal administratif de Cayenne conforte l'association qui a fait recours contre l'arrêté préfectoral qui autorise les travaux d'exploitation du site. À l'été 2019, le gouvernement français annonce sa décision de stopper le projet, malgré son soutien affiché en 2018. En décembre 2020, le tribunal administratif de Cayenne, à la suite du recours de Montagne d'or, « enjoint au gouvernement » la poursuite de la concession. En janvier 2021, le gouvernement dépose un recours en appel contre cette décision. En février 2022, le Conseil constitutionnel rejette la prolongation de la concession minière à la suite d'une saisine du Conseil d'État, et cette décision pourrait bien mettre un coup d'arrêt définitif au projet minier de la Montagne d'or. Et c'est 2 ans plus tard, le 6 février 2024, que le dossier prend fin lorsque la cour administrative d'appel du tribunal de Bordeaux appose un point final à la prolongation des concessions minières Elysée et Montagne d'or de manière très claire dans son article 1er : « La requête de la société Compagnie minière Montagne d'Or est rejetée. »
La question des déchets et de l'assainissement
Le traitement des eaux usées est encore déficient et pose des problématiques de pollution des milieux et du littoral dans les zones urbanisées. La gestion des déchets est encore largement insuffisante et suscite l'ire de la population. On citera notamment la décharge à ciel ouvert de Maripasoula, sujette à des incendies en 2019, qui provoquèrent des fumées toxiques et la fermeture de lieux publics pour raison sanitaire.
Face au changement climatique
Le changement climatique en Guyane pourrait générer une plus grande fréquence et intensité des événements extrêmes : sécheresses, inondations, glissements de terrain, submersion côtière. Des projets de stratégie bas carbone ont été initiés, fondés sur la biomasse (dont plantations sylvicoles et cultures énergétiques), mais ils se heurtent souvent à un manque de structuration des filières. La Guyane produit également de l'énergie solaire, via la centrale de Stoupan et de l'hydroélectricité. Le milieu associatif est très actif, avec la conduite notamment de programmes de sensibilisation, d’études et de recherches, de plaidoyer, mais aussi des actions de promotion des mobilités durables.