Le parc est divisé en dix bases (núcleos) ouvertes aux visiteurs.

Le núcleo Curucutu, à Itanhaém, s'étend sur 12 029 ha. On y trouve deux sentiers de randonnée (un facile et un autre de niveau moyen). Ouvert du mardi au dimanche de 8h30 à 17h.

Les autres portes d'entrée du parc, du sud-ouest au nord-est sont :

Núcleo Itariru (à Pedro de Toledo). 50 000 ha. Possède un sentier, la Trilha da Usina, qui passe par les ruines d’une ancienne usine hydroélectrique construite en 1944. Ouvert de 8h à 17h.

Núcleo Itutinga-Pilões (à Cubatão). 43 800 ha riches en espèces endémiques, ruines de l’époque de la colonisation du pays et de sentiers historiques. Trois sentiers de randonnée (sur réservation). Ouvert samedi de 9h à 12h ou les autres jours de 9h à 17h sur réservation.

Núcleo Bertioga. 30 000 ha. Cette base a été créée en 2010 pour améliorer la gestion d'une extension du núcleo Itutinga-Pilões.

Núcleo Padre Dória (à Salesópolis). 26 154 ha. Cette base a été créée en 2014 pour améliorer la gestion de certaines zones des núcleos São Sebastião, Bertioga e Caraguatatuba.

Núcleo de São Sebastião. 26 268 ha de forêt et de marais. Beau panorama sur l’océan. Plusieurs sentiers de différents niveaux avec possibilité de baignade. Celui de la Praia Brava débouche sur la plage. Ouvert de 8h à 17h, visites sur réservation.

Núcleo Caraguatatuba. 35 947 ha où se trouvent diverses chutes d’eau et rivières. Huit sentiers de randonnée, certains avec possibilité de baignade. Ouvert du mardi au dimanche de 8h à 17h. Accès aux sentiers jusqu’à 16h.

Núcleo Picinguaba (environs d’Ubatuba). 47 500 ha, c’est la seule base située au niveau de la mer. Randonnées et promenades en canot organisées par les guides du parc. Réservation à l’avance. Ouvert tous les jours de 8h à 17h.

Núcleo Santa Virginia (à São Luiz do Paraitinga). 17 500 ha. Six sentiers de différents niveaux passant souvent à côté des berges des rivières Paraibuna et Ipiranga. Ouvert du mardi au dimanche de 8h à 17h.

Núcleo Cunha (dans l'arrière-pays). Au milieu de la Mata Atlântica, à 20 km de piste en terre battue de Cunha, la base de Cunha du Parque Estadual da Serra do Mar s'étend sur 14 000 ha et propose trois sentiers pour les randonneurs. Même les moins habitués pourront suivre sans guide le parcours de 50 minutes et profiter des cascades et des petites piscines naturelles pour se baigner. Pour les sportifs, contactez l’administration à l’avance pour réserver et partir avec un guide. Ouvert tous les jours de 8h à 17h.