Espaces protégés
L'Alentejo compte plusieurs aires protégées, parmi lesquelles des réserves et parcs naturels :
Parc naturel du Sud-Ouest de l'Alentejo et de la côte Vicentine : partagé entre l'Algarve et l'Alentejo, il protège une frange littorale particulièrement sauvage, faite de plages, d'habitats dunaires et de falaises escarpées. Sanctuaire de nombreux oiseaux (dont cigognes, hérons et flamants roses).
Parc naturel de la vallée du Guadiana : il abrite une grande diversité de paysages et d'écosystèmes, de plages et de montagnes, et ravira les amateurs d'activités de plein air.
Parc naturel de la Serra de São Mamede : il protège les écosystèmes des montagnes éponymes et leur riche biodiversité.
Réserve naturelle de Lagoas de Santo André et da Sancha : cette aire protégée abrite des zones humides, dont les lagunes de Santo André et de Sancha, habitats d'une grande diversité floristique et faunistique (dont oiseaux).
Parc naturel des Serras d'Aire et Candeeiros : il protège les écosystèmes associés aux montagnes d'Aire et de Candeeiros. La région du Rio Maior abrite également les salines da Fonte da Bica.
L'Alentejo est également classé « région de tourisme stellaire », en vertu de la qualité de son ciel nocturne (« ciel noir »), exempt de pollution lumineuse (l'observatoire d'Alqueva).
Un territoire soumis aux risques d'incendies de forêts
Les feux de forêts, de plus en plus dévastateurs au Portugal, sont la résultante de différents facteurs. On citera notamment le choix des essences, dont l'eucalyptus, espèce hautement inflammable introduite et de plus en plus présente. L'absence d'un véritable système de prévention des feux de forêt dans le pays peut être également pointée, en même temps qu'une politique d'austérité qui a mis à mal les effectifs des services forestiers et privatisé les moyens aériens (canadairs). Face à cette situation, des initiatives voient le jour. On citera par exemple l'utilisation du pastoralisme comme dispositif de prévention. Depuis 2017, les scientifiques et les ONG alertent sur la survenue d’incendies plus imprévisibles et plus violents. La fréquence d'apparition de ces événements extrêmes ou « méga-feux » est en lien avec le changement climatique.
Défi climatique et transition énergétique
Le Portugal a mis à profit la crise pétrolière de 2008 pour amorcer sa transition énergétique. Il s'agissait alors de limiter surtout la dépendance au pétrole. Le pays a donc déployé une véritable politique volontariste, fondée à la fois sur l'efficacité énergétique et le développement des énergies renouvelables (éolien, solaire, hydraulique). En mars 2008, lors de sa mise en service, la centrale d'Amareleja était alors la plus grande centrale photovoltaïque du monde. En mars 2018 le Portugal a produit pendant quelques jours plus de 100 % d'électricité « verte ». En d'autres termes, le pays a produit plus d'électricité (issue d'énergie renouvelable) qu'il n'en a consommé. Fort de cette réussite, il s'est fixé l'objectif d'atteindre en 2040 une production d'électricité annuelle issue à 100 % de sa production d'énergies renouvelables. Si les émissions de gaz à effet de serre du pays ont baissé de 22 % entre 2005 et 2017, les énergies carbonées (notamment le charbon) sont encore bien présentes dans le mix énergétique du pays. Un autre défi est celui de l'utilisation du surplus d'énergie renouvelable.