D'après les inscriptions hiéroglyphiques trouvées sur le site, Cobá serait le nom originel de la cité et pourrait signifier en maya « eau trouble » : la ville de Cobá s'est développée autour de cinq lacs fondamentaux pour sa subsistance. La ville couvre une superficie de 70 km² et comprend près de 6 500 constructions, dont la plupart sont encore recouvertes par la jungle, ainsi que des voiries en pierre, appelées sacbeob, pluriel de sacbé, qui signifie chemin blanc. Le sacbé est un chemin surélevé d'une cinquantaine de centimètres situé entre deux murets, rempli de cailloux et revêtu d'un mortier calcaire. Ces chemins étaient blancs en raison du stuc de calcaire qui recouvrait les pierres. Durant la période d'apogée du site, les sacbeob reliaient Yaxuná, non loin de Chichén Itzá, parcourant jusqu'à 100 kilomètres.

L'occupation du site de Cobá date de 300 à 100 av. J.-C., mais c'est durant le classique ancien (entre 300 et 600 apr. J.-C.) que la cité commence à se développer, concentrant les pouvoirs économiques et politiques et absorbant peu à peu les villages alentour. Les premières voies de communication sont construites entre 600 et 800 apr. J.-C., à la même époque où sont gravées la majorité des stèles découvertes sur le site. La cité connaît donc son apogée entre 200 et 1000 apr. J.-C., époque de construction des principaux édifices et d'intensification des relations avec les sites du golfe du Mexique, alors que les échanges avec la région du Petén diminuent. Entre 1000 et 1450, Cobá entre dans une phase de déclin et subit l'influence de groupes du centre du pays : un nouveau style architectural voit alors le jour et est incorporé aux constructions existantes.

La visite : le site est relativement comble du matin au soir puisque tours et voyages organisés y passent à longueur de journée. Une bonne option pour le visiter est de louer un vélo, qui permet de pédaler sous la futaie et de prendre l'air au passage (il existe également des chemins réservés aux seuls piétons). Depuis l'entrée du site, on passe tout d'abord par le Grupo Cobá. Puis une bifurcation indique sur la droite une déviation vers le Grupo Macanxoc, situé à quelques centaines de mètres plus loin dans la forêt : c'est l'ensemble le moins visité du site, dont la visite est peut-être la plus agréable. Si on continue sur le chemin principal, on croise la Grupo de las Pinturas, le Jeu de Balle, puis le monument le plus visité du site, la pyramide du Grupo Nohoch Mul.