Comme partout ailleurs dans le monde, El Niño, courant chaud marin dû à un bouleversement climatique, a des conséquences non négligeables sur les Maldives. Ici, c'est l'existence même du corail qui est en jeu. El Niño est responsable de la prolongation des périodes de réchauffement de l'océan, ce qui entraîne des variations de la salinité de l'eau et la réduction de la quantité de zooplancton. De plus, l'intensité de la lumière change également. Tout cela entraîne la mort des polypes colorés, la partie vivante du corail, et seul le squelette calcaire demeure. Le récif corallien devient uniformément blanc et ne se développe plus. Ce phénomène est très répandu aux Maldives. La plupart des récifs en sont atteints entre la surface et 20 m sous l'eau. Ce sont de véritables cimetières de corail qui s'offrent aux yeux des snorkeleurs. Après quelques années, la vie reprend son cours et les polypes recolorent doucement les coraux des fonds marins. Dans l'atoll d'Addoo, le plus au sud, El Niño n'a rien dévasté et c'est aujourd'hui l'un des plus beaux jardins de corail du pays. Les passages successifs d'El Niño en 1998, 2015 et 2016 se sont avérés très destructeurs pour le corail, et scientifiques et associations se relaient au chevet des fonds marins pour essayer de les sauver.
