D'une superficie de 669 ha, le village trouve son origine dans une création de l'époque franque. Hegenheim signifierait le domaine de Hagino, prénom germanique, dont l'assertion a été confirmée par la découverte d'une nécropole du VI-VIIe siècle. La période romaine a marqué d'importants croisements de voies traversant le ban et menant de Porrentruy à Augst et de Binningen à Rixheim. En 1482, le village dépendant en temporel de l'évêché de Bâle fut donné par les évêques en fief à des vassaux dont les Baerenfels. Jusqu'en 1692, le château et la chapelle privée ont appartenu aux Baerenfels. Il sera reconstruit en 1737 par Aimable-Laurent de Barbier et deviendra en 1990 le seul bâtiment à être classé au titre des Monuments historiques. Le XVIIe siècle marquera l'installation d'une forte communauté juive aux portes de Bâle. En 1673, Achille de Baerenfels permit aux juifs d'établir un cimetière sur ses terres. Le cimetière de 8 000 tombes prit une importance régionale. En 1821, une synagogue sera construite.