Cité pour la première fois au XIIIe siècle, Munwiller devait exister bien avant, étant donné qu'un sarcophage mérovingien y a été découvert. Le village est d'abord propriété des évêques de Strasbourg, puis des Habsbourg de 1269 à 1648. En 1763, il devient propriété des Klinglin. À la fin du XVIIIe siècle, il est intégré au bailliage de Ollwiller. En 1819, on construit un bâtiment aux fonctions multiples (école, mairie, presbytère) au centre du village. Durant la Première Guerre mondiale, Munwiller accueille les habitants des villages voisins qui cherchent à échapper aux combats. Pendant l'Occupation, il sert de quartier général aux troupes allemandes.