Parcs nationaux
L'Allemagne compte 14 parcs nationaux au total. Deux d'entre eux se situent en Bavière. Le parc national de la Forêt bavaroise (Nationalpark Bayerischer Wald) est proche de la frontière avec la République tchèque. Plus au sud, se trouve le parc national de Berchtesgaden. L'altitude la plus élevée y avoisine les 2 713 m et c'est le lieu idéal pour découvrir la faune et la flore sauvages de Bavière. A côté de ces grands parcs nationaux, 18 parcs naturels dont l'Altmühltal situé environ 80 km au sud de Nuremberg ou le Frankenwald et le Fichtelgebirge au nord et à l'est de Bayreuth. Il faut ajouter à cela plus de 600 zones protégées (Naturschutzgebiet). En tout, presque 23 000 km² entièrement dédiés à la nature et aux espèces végétales et animales. C'est-à-dire environ un tiers de la superficie de la Bavière !
Faune
La Bavière compte un grand nombre d'espèces animales. Il n'est pas rare de croiser lièvre, renard, biche ou sanglier lorsqu'on se promène en Bavière et, si on lève un peu le nez, on s'aperçoit que les variétés d'oiseaux sont très nombreuses et les aigles y sont très bien implantés. Cependant, une grande partie de ces animaux est inscrite sur la liste des espèces en voie de disparition comme le lièvre ou le lynx. Ainsi, le Land accorde beaucoup d'importance à leur réimplantation et à leur sauvegarde. Depuis leur réintroduction dans la Forêt bavaroise, il y aurait une petite dizaine de lynx à l’état sauvage. Le castor qui avait totalement disparu a été réintroduit dans les années 1960 et il réussit à présent à survivre et à reconquérir le territoire.
Un spécimen unique en Bavière est la Sadleriana bavarica (appelée Bayrische Zwergdeckelschnecke en allemand), un petit escargot d’eau douce d’environ 2 millimètres, qui a survécu de la période glaciaire jusqu’à nos jours. Pour l’heure, sa présence n’est attestée que dans un ruisseau de Munich. Les emplacements exacts sont gardés secrets pour pouvoir préserver l’espèce des visiteurs. Contrairement à la majorité des gastéropodes qui sont hermaphrodites, la sadlerina bavariana est sexuée et on distingue les mâles des femelles à la coquille.
Flore
Les forêts de Bavière sont essentiellement de vastes pessières, c’est-à-dire des forêts d’épicéas. L’épicéa (Fichte en allemand) représente 44 % des arbres en Bavière. Il est suivi par le pin (Kiefer) avec 19 % et le hêtre (Buche) avec 12 %. Le chêne, arbre emblématique de l’Allemagne dont la feuille orne les pièces de 1, 2 et 5 centimes, ne représente pas plus de 6 % des arbres bavarois. Dans les vallées et au pied des Alpes, il y a des terres fertiles à vocation agricole.
Dès que le printemps revient, la nature reprend ses droits et de nombreuses variétés de fleurs apparaissent. La Bavière compte une grande quantité d'espèces sauvages (orchidées, gentiane, roses des Alpes) dont la plus connue est l'edelweiss, cette fleur blanche cotonneuse des massifs montagneux. Une autre fleur emblématique des montagnes est le galanthus nivalis, aussi appelé perce-neige en raison de sa capacité à fleurir avant la fonte des neiges, dès janvier ou février. C’est une plante toxique qui a des propriétés vomitives.
Il existe quelques espèces absolument uniques en Bavière. La Cochlearia bavarica (Bayrisches Löffelkraut en allemand), une petite fleur blanche, héritée de la période glaciaire mais découverte en 1984 seulement, n’est présente nulle part ailleurs. Elle a besoin d’une source d’eau pure et calcaire, et de par sa rareté elle est menacée. On ne la trouve plus précisément qu’en Souabe et en Haute-Bavière.