Parcs nationaux et espaces protégés
La végétation se divise en quatre écosystèmes différents. Le désert et la plaine aride "chul" occupent près de 80 % de sa superficie avec des sols de natures différentes : sel, sable, gypse ou argile. Les montagnes "tau" et la zone alpine dans l'Est, à plus de 4 000 mètres, contrastent avec les zones collinaires "adyr". Les deux grands fleuves du pays, l'Amou-Daria et le Syr-Daria, représentent les bassins fluviaux les plus importants de l'Asie centrale. Chacun de ces milieux naturels abrite une faune et une flore caractéristiques. Pour les protéger, le pays compte une quinzaine de réserves naturelles (zapovedniki) et deux parcs nationaux.
Le Parc national de Zaamin (UNESCO), au sud de la capitale, fut créé en 1926. Situé dans la partie ouest de la chaîne du Turkestan, il abrite des vallées, avec des vergers et des pentes couvertes de genévriers. La partie montagneuse est composée d'alpages, canyons et cascades. Le parc abrite plus de 700 espèces de plantes dont une trentaine médicinales ou aromatiques (cynorhodon, menthe, estragon, oignons, clous de girofle, aubépine, géranium) et 40 mammifères dont le fameux léopard des neiges, le lynx du Turkestan ou encore l'ours noir d'Asie, et 150 espèces d'oiseaux dont des zones de nidification d'oiseaux migrateurs (cigogne noire, canards, oies, pélicans hérons cendrés) migrant vers Zaamin au printemps. On trouve également des gypaètes barbus.
Le Parc national du Chatkal,, créé en 1947, est situé au nord-est de la capitale, avec en fond de toile les monts du Tian Shan. Sa superficie couvre 35 000 ha. Parmi ses trésors, le lac de Charvak mais aussi les sommets Besthor à 4 299 m et le mont Adelung à 4 301 m. Le parc abrite plusieurs espèces végétales et animales menacées, ainsi que des pétroglyphes datant de l'âge de pierre. On recense plus de 40 espèces d'arbres et arbustes fruitiers dont certains sont endémiques : sorbier du Turkestan, cassis, cerisier de Magaleb, pistachier, pommier Severtsov, abricotier. Dans les bosquets : peuplier afghan, saule, érable du Caucase. Sur les pentes montagneuses domine le sapin ; le long des berges, les bouleaux. Parmi les espèces animales : chèvre de Sibérie, lynx du Turkestan, ours, marmotte de Menzbira, léopard des neiges, tétras, lagopède...
La réserve naturelle d'Hissar, avec sa superficie de 81 000 ha est la plus vaste du pays, à l'est de Chakhrisabz. Une zone montagneuse karstique connue pour la grotte d'Amir Timur, l'une des plus profondes grottes d'Asie Centrale (concressions, stalactites, lac souterrain), lieu de pèlerinage, et les traces de dinosaures fossilisées. Créée en 1983, on y recense plus de 910 espèces dont 250 médicinales et alimentaires (caraque velue ou à épines tordues, astragale de Butkov, aconit blanc, oignon d'Oshanin, oignon d'Anzur) et 80 d'entre elles sont endémiques et une trentaine très rares !
La réserve de Badaï Tugaï, à l'ouest de Bérouni, désormais fermée au public. Il s'agit d'un massif forestier en futaie de peupliers en plein désert du Kyzyl Kum, où l'on peut observer nombre d'animaux, parmi lesquels lièvres, chats du désert, ou encore renards mais surtout l'une des dernières hardes de Cerfs de Boukhara.
La réserve de Naratinsky. Située à proximité du canyon verdoyant des monts de Nuratau, à l'ouest de la région de Jizzak. On trouve des espèces asiatiques telles que l'Amygdalus spinosissima, la férule, le noyer commun et le pistachier. Un détour par l'Ekosentr Jeyran est vivement conseillé à tous les passionnés. Depuis 1977, cette zone naturelle protégée se consacre à l'élevage des animaux en voie d'extinction et à la reproduction d'espèces rares. L'écocentre abrite des mammifères, des reptiles, des oiseaux, des amphibiens et des invertébrés mais protège également la faune marine (sarcelle marbrée, fuligule milouin, erismature à tête blanche) et plus de 250 espèces végétales.
La disparition de la mer d'Aral
Au premier rang des catastrophes environnementales, la disparition de la mer d'Aral amorcée dès les années 1960. L'irrigation intensive en amont du Syr Daria et de l'Amou Daria, les deux fleuves qui alimentaient la mer d'Aral, les a quasiment asséchés. Le Syr Daria n'atteint plus la mer, et les eaux du légendaire Oxus et de son fertile delta se perdent dans le désert. En 2010, il restait encore un peu d'eau côté ouzbek, mais le bassin avait disparu en 2017 ! Si la mer (côté kazakh) semble maintenir son niveau, du côté ouzbek, elle a bel et bien disparu en un demi-siècle à peine. Si le gouvernement kazakh tente d'alimenter ce qu'il en reste, la situation semble désespérée côté ouzbek.
Première conséquence de la disparition de la mer, l'élévation du degré de salinité dans l'eau restante, côté kazakh, avec des conséquences dramatiques pour la faune et la flore aquatiques, aujourd'hui disparues en Ouzbékistan. Désormais, la mer d'Aral est devenue le désert d'Aral, l'Aral Koum. Il s'étend à perte de vue et les vents emportent son sable jusqu'à des continents lointains.
Deuxième conséquence, la bulle d'évaporation créée par la mer d'Aral, et qui protégeait la région contre les vents de Sibérie, disparaît avec la mer, et tout le Karakalpakstan se trouve exposé au froid et au vent chargé de sel. Ce dernier ruine les moissons, rend le sol impropre aux cultures et a accéléré la disparition de la flore et de la faune, en particulier des oiseaux.
L'eau : denrée précieuse !
En Ouzbékistan, l'irrigation remonte aux premières habitations humaines et a toujours assuré le développement des villes-oasis du désert comme Boukhara ou Samarkand. À l'inverse de la disparition de la mer d'Aral, le lac Aydar Kul, au nord des monts Nourata, voit son niveau monter d'année en année. Il en va de même pour la nappe phréatique, qui atteint des niveaux inquiétants à Khiva. Il suffit de creuser deux ou trois mètres pour atteindre l'eau, ce qui menace gravement les fondations des bâtiments de la ville historique. Enfin, le manque de moyens pour l'entretien des canaux d'irrigation conduit à une perte importante de l'eau. De plus, les canaux étant à ciel ouvert, on estime que près d'un tiers de l'eau s'évapore pendant les mois les plus chauds.
Une faune et une flore menacées
Pour laisser place aux champs de coton, aux raffineries et aux complexes industriels, la surface des forêts a été réduite de près de 80 %, et de nombreuses espèces animales ont disparu de la région. La destruction de ce patrimoine vivant se lit dans le changement des paysages ouzbeks. Ainsi, les platanes d'Orient et les ormes que l'on trouvait partout dans les villes et villages ont été victimes de l'énorme chantier à ciel ouvert qu'est devenu le pays ces dernières années. Des arbres centenaires, vénérables et vénérés, qui avaient l'avantage de donner une ombre bienvenue durant les chauds mois d'été, sont coupés et remplacés par de maigres sapins importés d'Europe ou de Russie. Le paysage ouzbek en est considérablement affecté, les places et allées ne sont plus protégées du soleil et la consommation d'eau, déjà problématique, ne fait qu'empirer.
Un pays désertique mais... pas désert !
La végétation habituelle des zones désertiques est composée d'herbes grasses, de buissons épineux et du ravissant Calligonum setosum aux fleurs fragiles semblables à des petites boules de duvet. Les tamaris et les saxauls, dont les racines plongent à plus de 10 m sous le sol, sont les seuls arbustes et arbres à résister aux chaleurs torrides et à la sècheresse de ces régions. Mais, chaque année, durant les quelques jours qui suivent les pluies de printemps, la végétation se réveille et les dunes de sable se couvrent de fleurs : tulipes sogdianes, renoncules, rhubarbe…
Du côté de la faune, le désert est loin d'être inhabité : chameaux, gerboises, loups, varans, lézards, tortues, hérissons, serpents, scorpions sont autant d'espèces donnant vie aux sables rouges ouzbeks. Les lézards sont nombreux dans le désert, et mesurent jusqu'à 1,50 m. Leur morsure n'est pas venimeuse mais très douloureuse. Mieux vaut être attentif à ne pas leur marcher sur la queue lorsqu'ils sont à l'affût dans les buissons ! Certains habitants n'hésitent pas à les manipuler tôt le matin, lorsque la température de leur corps les maintient encore endormis. Mais ce genre d'expérience est fortement déconseillé !