C'est au XIIe s. que le Val-Saint-Germain fit parler de lui, lorsque les moines de l'abbaye des Vaux-de-Cernay, y défrichèrent - comme on le faisait à l'époque - les forêts et y asséchèrent les marais. Le premier seigneur des lieux, Jean de Saint-Germain, y assit son autorité près d'un siècle plus tard. Toutefois, peu de sources documentent l'histoire ancienne de la commune, hormis un acte de 1397 qui mentionne un manoir féodal. En revanche, c'est au XVe s. que fut construit le deuxième château (du Marais). Un troisième château, lui, fut érigé vers 1620 dont les communs - c'est-à-dire tout ce qui en reste - ont été transformés en musée.