La création de ce village remonterait au XIe siècle, époque à laquelle il était rattaché à Boutigny. Au XVe siècle, il faisait partie des richesses de l'Eglise. En 1588 un couvent des Minimes y fut fondé mais faute de revenus, il fut démoli et ses propriétés vendues au XVIIIe siècle. Aujourd'hui, plusieurs toponymes en conservent le souvenir : Clos du Chapitre, Sente des Minimes, Couvent... Son église Saint-Eloi des XVe-XVIe siècles fut pillée par les Protestants en 1561. Situé sur la route de l'Allemagne à Paris, Fublaines souffrit aussi du passage des armées en 1814, 1815 et 1870. Aujourd'hui, la commune est traversée par le sentier de randonnée (GR14A).