Prunay, du latin prunus (planté de pruniers), était autrefois connue sous le nom de Prunay-sous-Ablis avant de fusionner avec Craches et devenir Prunay-en-Yvelines en 1979. Habité depuis la préhistoire, comme en témoignent quelques silex taillés découverts sur le territoire, le village se compose de six hameaux : l'Abbé, Craches, Marchais-Parfond, Gourville, la Chapelle, et Villiers Landoue. La tour du bas Prunay marquait autrefois la séparation entre Gourville, dépendance des moines de Chartres, et Prunay, territoire des seigneurs de Monfort. Il est traversé par le ru de Perray, avant que celui-ci ne devienne la Rémarde en région Centre-Val de Loire.