L'occupation humaine du site remonte à l'Antiquité. En raison de son implantation, Noilhan a été une place forte occupée très tôt : le castrum de Noilhan est cité pour la première fois en 1168. L'enceinte du château était de type circulaire avec deux ponts et deux barbacanes à l'Est et à l'Ouest. L'ancien chemin de ronde est encore visible aujourd'hui. Noilhan était le poste avancé du comté de Comminges tourné vers ceux d'Armagnac et de Toulouse. En 1375, une transaction fait passer la commune sous la domination de la famille De Touges qui marquera l'histoire du village durant quatre siècles. En 1773, la dernière descendante de cette famille, Guionne Chrisante de Touges-Noilhan fait don de ces biens à la communauté de Noilhan. Après la période troublée de la révolution, la commune connaît, au XIXe siècle, un fort développement. En 1904, un terrible incendie détruit 7 maisons avec les granges et étables attenantes. Jamais reconstruite cette zone est aujourd'hui devenue une pelouse ombragée avec des tables de pique-nique et un point d'eau potable.
Au cours de la dernière décennie, Noilhan s'est développé en accueillant de nouveaux habitants. La construction d'une école, l'installation de nouveaux professionnels, le développement de l'économie à côté de l'activité agricole traditionnelle, en font aujourd'hui un village de 386 habitants où il fait bon vivre. L'activité agricole de Noilhan reste importante avec la présence d'éleveurs de volailles (Jérémy Daran, Pierre Larrouzé, Isabelle Moulis) et d'agneaux (Kevin et Jack De Lozzo), et d'un apiculteur (Vincent Le Droff). La fête du village a lieu le premier week-end de juillet. Site de la mairie : www.noilhan.fr.