Saint-Mars-du-Désert est situé à 20 km au nord-est de Nantes, entre la vallée de l'Erdre et la vallée de la Loire. Le territoire a ce charme rural et offre de beaux paysages vallonnés, au milieu des villages alentour. Le nom de Saint-Mars-du-Désert vient du latin Sanctus Medardus, nom latin de saint Médard, patron de la paroisse. Le mot désert rappelle l'engloutissement des terres par l'Erdre. Saint-Mars possède un nom en gallo, la langue d'oïl locale : Saent-Mard-deü-Dezèrt. La commune dispose de la plaine de Mazerolles qui s'étend sur une superficie de 1 000 hectares. C'est un site protégé d'intérêt ornithologique et tourbier (VIe siècle).